GeneChip Mouse Exon 1.0ST Array 小鼠外显子芯片
小鼠全转录本表达谱芯片，约有4个探针来针对每个外显子 / 约有40个探针来针对每个基因，覆盖经验性及预测的外显子序列，约1000000个外显子。可用于基因表达和可变剪切分析。
Agilent棉花寡聚DNA芯片（4×44K）
棉花全基因组表达谱芯片所用的序列信息来自于RefSeq, UniGene, TIGR Plant TA 和TIGR Gene Indices等知名数据库，代表了43,803个棉花基因和转录本。
Affymetrix Plasmodium/Anopheles Genome Array 疟原虫
该芯片包括约4,300 Plasmodium falciparum 的转录子和约14,900 Anopheles gambiae 转录子。
长链非编码RNA芯片
ncRNA研究的重要一步是发现与特定疾病相关的lncRNA。传统的lncRNA筛选方法（SELEX等）效率低下，假阳性率高。而基因芯片具有覆盖全面、高效、准确的特点
癌通路发现者基因表达PCR芯片
癌症通路发现者基因表达PCR芯片可用于研究在肿瘤发生和转移过程中，该芯片包含了9个与癌症相关的重要信号通路的基因，通过实时定量PCR的方法，研究者即能够利用该芯片简单可靠地同时检测肿瘤发生和转移过程中标志基因的表达，研究各种肿瘤细胞通路的活性状况。